张子侠：坑儒漏洞太多。
其一，坑杀之祸距沙丘之变仅两年，而《李斯列传》所载赵高伪造的诏书却说：“今扶苏与将军蒙恬将师数十万以屯边，十有余年矣。不能进而前，士卒多耗，无尺寸之功。反数上书直言诽谤我所为，以不得罢归为太子，日夜怨望。”由此可见，早在坑杀事件之前扶苏就已在上郡监军，而他劝谏始皇的方式不是面谏，而是“数上书直言”。
其二，秦廷议焚书时，淳于越借古非今，又痛斥周青臣“面谀以重陛下之过”，言辞十分激烈。始皇不仅没降罪于他，反而“下其议”。扶苏身为长子，其谏语又相当委婉，何以秦始皇勃然大怒呢？
其三，扶苏监军是重任而非贬任。秦王朝的威胁主要来自北方，驻军上郡，北可防御匈奴，南可拱卫京师，因此始皇命宠臣蒙恬为将，长子扶苏为监。如果扶苏劝谏惹恼了秦始皇，盛怒之下却委以重任，这岂不是咄咄怪事？
其四，“诸生”一词的含义有个历史演变过程。大体上讲，自汉武帝“罢黜百家，独尊儒术”之后，“诸生”便逐渐变成了儒生的泛称。但秦时则不然，当时的博士学术流派很杂，有儒生博士，也有占梦博士和为仙真人诗的博士。《汉书·艺文志》还提到名家《黄公》四篇，作者“名疵，唯秦博士”。既然秦朝的博士及其弟子成份如此复杂，怎么会出现“诸生皆诵法孔子”的现象呢？此节文字恐非司马迁所为，盖有后之好事者为渲染始皇残暴，遂将臆度之辞羼入正文。
——《<秦始皇本纪>新探》，载《古籍研究》1995年第2期
【美】卜德：坑儒的记载很可能是出于意识形态的原因在司马迁死后被匿名作者窜入《史记》。
——《剑桥中国秦汉史》第一章《秦国和秦帝国》
林之奇：神仙家者流与儒家者流异。卢生、侯生乃始皇所遣之方士，使求长生不死之药者也。其所穷治，当及于方士之徒，不应及于儒者也。而仍以方士之伎艺传相汲引，至于坑儒生若始皇者，所谓怒于室而色于市也。
——《拙斋文集》卷十三《卢生与侯生讥议始皇始皇怒乃坑儒生》
郑樵：陆贾，秦之巨儒也；郦食其，秦之儒生也。叔孙通，秦时以文学召待诏博士。数岁，陈胜起，二世召博士诸儒生三十余人而问其故，皆引《春秋》之义以对。是则秦时未尝不用儒生与经学也。况叔孙通降汉时，自有弟子百余人。齐鲁之风，亦未尝替。故项羽既亡之后，而鲁为守节礼义之国。则知秦时未尝废儒，而始皇所坑者，盖一时议论不合者耳。
——《通志》卷七十一《校雠略第一·秦不绝儒学论》
萧参：至若卢生者，何尝诵法孔子？——《希通录》
丘濬：彼卢生之徒，乃方伎之流耳，既以非道事其君，又从而讥议之，激其怒而召其诛，宜矣。然始皇所诛止其人可也，顾乃使御史悉按问之，使传相告引，坑之咸阳，示天下以惩后，而害及无辜之人。
——《世史正纲》卷一《秦世史·坑儒生四百六十余人》
张文立：以思想言论罪列于刑罚，著之法律，这应该说是始皇帝的一大发明。周厉王使人监谤，但未定入法律。始皇帝将妄言、挟书、诽谤、偶语等列入法律，且处以族、弃市等重刑，是极为突出的。而这些罪根本没有操作性，由人（皇帝或执法者）随意说说而已。同样的话，分析者的思想不同，便可以使白为黑，使对变错。
——《秦始皇帝评传·代序》
张分田：“坑术士”的性质属于典型的“帝王一怒而天下秋”，把它与不同政见，学术之争牵上关系显得有点勉强。非议朝政不等同于敌对势力。历代都有人死于谏诤君王、批评朝政。
其实，汉代儒家的以礼法“诛心”之术并不比秦朝的以刑法“禁心”之术更“开明”。它是一种披着“宽”、“仁”外衣的残忍。这种暴虐可以称之为社会性、制度性的暴虐。
“坑术士”的政治后果很严重。如果秦始皇听从公子扶苏的意见只杀部分“欺君罔上”者，对秦朝的统治更有利。
——《秦始皇传》
